Son múltiples los fármacos que se pueden utilizar durante un tratamiento de reproducción asistida. El principal grupo farmacológico son las hormonas conocidas como gonadotropinas, siendo en la mayoría de las ocasiones autoinyectables por la propia paciente.

El equipo médico que dirija el ciclo de reproducción, será el que indique tipo, dosis y vía administración de la medicación más adecuada para cada paciente. Esto se realizará en función de su edad, reserva ovárica, antecedentes médicos, resultados en ciclos previos … Es decir, el tratamiento será personalizado para cada paciente y en cada ciclo.

Los posibles efectos secundarios de la administración pueden estar ocasionados por la vía de administración, como son la aparición de hematomas, dolor y reacciones alérgicas temporales, como enrojecimiento o picazón en la piel en la zona de administración en el caso de que se trate de inyectables. O bien directamente por el propio efecto de las hormonas como son sensación de hinchazón del abdomen, del pecho, retención de líquidos, dolores de cabeza leves, cambios en el estado de ánimo, fatiga, incremento del flujo vaginal. Una de las complicaciones más importantes, pero afortunadamente excepcional, gracias a los fármacos actuales y distintos protocolos para prevenirla, es el síndrome de hiperestimulación ovárica, siendo leve en la mayoría de los casos y autolimitada.